Les boites de Subcatify, c'est une histoire de 2 ou 3 pixels.

Dans ton template-common
#content UL.thumbnailCategories LI {
  width: 33.3%;        /* 49.9% for 2 per line, 33.3% for 3 per line*/
}

passe-le à 33.1%

Je pense que cela vient de là.
8-)

Faut-il encore qu'il y ait une page d'accueil au choix:

index.htm
index.html
index.php

à l'adresse indiquée... ?

8-)