Je pense que tu utilisais des plugins qui ont été désactivés par la mise à jour. Vérifie dans la partie « plugins » de l'interface d'administration que les plugins importants sont bien activés (je dirais, RV Menu Tree et LocalFiles Editor au moins).

Tu peux aussi vérifier que le CSS que tu as écrit est bien dans le CSS de la page (sous Firefox, clic droit -> inspect element puis onglet « CSS editor »). Le CSS est peu lisible car minifié, mais fais les commentaires indiquent quel fichier est inclu, et tu peux faire une recherche sur une chaîne qui est censée apparaitre pour voir si elle est bien là.