Hello,

Je ne suis pas un pro, mais avec un script php ça ne doit pas être compliqué :

- Faire une liste des fichiers du répertoire physique : $phys
- faire une liste des fichiers du répertoire virtuel : $virt
- créer un tableau vide $nodupe
Parcourir la liste $phys
    voir si c'est un doublons de $vir
    Si c'est un doublon
        on ne fait rien
    Sinon
        # forcément ce n'est pas un doublon
         ajouter le fichier dans $nodupe
    fin si
fin parcourir

ça devrait le faire :)