Aucun règlage à effectuer.
C'est Google Analytics (GA) qui sous-estime le nombre de visites.

Whois Online n'invente rien, il est même en dessous de la réalité dans le cas de l'usage de certains plugins comme Lightbox, CoolIris/Piclens, akBookStyle, mais également les pages comments.php, Additionnel pages, tags.php, calendar.php, ...

Pourquoi GA sous-estime le nombre de pages visitées?
Faudrait leur poser la question en fait. Whois-Online comptablise les passages des Robots d'indexation, GA doit les exclure mais il en exclut beaucoup trop (c'est certain).

Pourquoi GA sous-estime le nombre de visiteurs?
Qu'est-ce qu'un visiteur? Whois Online comptabilise les session php, une même personne est vue par Whois online comme la même personne en théorie et en standard pendant une heure.
Que fait GA qui n'a pas accès aux sessions php?
Encore une fois, GA aurait bien du mal à s'expliquer probablement.

Whois Online n'est pas exact, mais il est moins faux que GA.