J'utilise PWG1.3.4 et il est tout à fait possible de classer les catégories et les sous catégories dans l'ordre de ton choix (notamment en ordre alphabétique). Mais je n'ai pas vu d'option automatisé pour faire ça, tu dois le faire à la mimine:

Dans la page d'administration sous l'onglet Catégories tu peux mettre tout dans l'ordre que tu veux avec les fléches bas et haut. Pour accèder aux sous catégories, décline la catégorie mère en cliquant sur la petite fléche précédent le nom de la catégorie...

Bon ménage.